Dicas de uso do Gaussian 16
1) Rodando o G16 nos nós com processadores AMD
Os binários do G16 revisão B.01 instalados no cluster rodam bem nos processadores AMD, mas ao invés do módulo padrão gaussian/16b01, deve-se carregar o módulo gaussian/16b01-sse4:
| module load gaussian/16b01-sse4 |
2) Configurando a área de scratch
No G16 a área de scratch é apontada pela variável de ambiente GAUSS_SCRDIR. Por default, quando se carrega o módulo gaussian/16b01, ou suas variantes, essa variável é direcionada para o scratch local. Para que o G16 utilize o scratch global é necessário acrescentar no script a linha abaixo:
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export GAUSS_SCRDIR=/scratch/global |
3) Uso de memória em cálculos mais pesados (Freq, CCSD, EOM-CCSD)
Para jobs mais pesados e que escrevam arquivos muito grandes em scratch, como, por exemplo, jobs envolvendo cálculos de frequências vibracionais (Freq) ou mesmo cálculos de energia usando CCSD ou EOM-CCSD em sistemas grandes, é mais eficiente reservar em torno de 70% da memória disponível e deixar o resto para o sistema operacional utilizar para cache de disco.
Por exemplo, um job que reserve um nó inteiro dentre os nós n[09-18] terá, automaticamente, 242 GB de memória alocada para o job. Nesse caso deve-se requisitar 170 GB no input do G16, usando:
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%Mem=170GB |