Softwares disponíveis no Ambiente HPC

Os softwares listados abaixo estão disponíveis para todos os usuários do ambiente HPC. Apenas softwares livres ou aqueles que a UFG possui licença institucional (site license, campus license, etc.) podem ser disponibilizados de forma global no cluster.

Para softwares de uso mais restrito e individual recomendamos que sejam instalados na área do usuário. Esse é o caso de softwares proprietários com licença não institucional. Nesses casos, o próprio usuário pode fazer a instalação.

Atenção usuários:

  • É proibido instalar ou usar softwares proprietários sem licença válida no ambiente HPC!
  • É importante ter ciência de que, no caso de software com licença não institucional, a observância dos termos da licença é de inteira responsabilidade do usuário.
  • Não é possível rodar softwares com interface gráfica no cluster.

Para solicitar a instalação de algum software para acesso global no cluster ou solicitar ajuda para instalação de software na área do usuário, utilize o canal  Fale Conosco. O usuário deve estar ciente de que, dependendo do fluxo de trabalho da equipe do Laboratório e das características do software, o atendimento a essa solicitação pode demorar um pouco. É importante ressaltar que a solicitação de instalação deverá ser feita somente por usuários cadastrados, ou seja, aqueles que possuem uma conta no cluster.

Aplicações
  • AutoDock Vina 1.1
  • Apache Spark 3.0.2
  • BoltzTraP 1.2
  • BoltzTraP2 20.7
  • CASINO current beta
  • Code_Aster 14.4
  • CPMD 4.3
  • Dalton/LSDalton 2018.0 (1)
  • Gaussian 16 B.01 (2)
  • GROMACS 2020.3
  • HANDE 1.4
  • HORTON 2.1.1
  • NAMD 2.14
  • Open Babel 3.0.0
  • OpenFOAM 8.0
  • OpenMX 3.9
  • Phonopy 2.8
  • Psi4 1.3.2
  • Quantum ESPRESSO 6.5
  • R 3.6
  • ShengBTE 1.1.1
  • SIESTA 4.0

Observações:

(1) Nem todas as funcionalidades do programa estão paralelizadas. Verifique quais estão no site do desenvolvedor.

(2) Paralelizado apenas para memória compartilhada (só permite utilizar núcleos dentro de um mesmo nó).

Bibliotecas e utilitários
  • FFTW 3.3.8
  • HDF5 1.10.5 e 1.10.6
  • LAPACK 3.9.0
  • Libconfig 1.7.2
  • MPICH 3.3.1
  • MVAPICH 2.3.2
  • NetCDF 4.7.1
  • OpenBLAS 0.3.7 e 0.3.10
  • OpenMPI 3.14 e 3.16
  • PnetCDF 1.12
  • ScaLAPACK 2.0.2 e 2.1.0
Compiladores e interpretadores
  • CUDA 10.0, 10.1, 10.2 e 11.0
  • GNU 8.3.0 e 10.2.0 (C/C++/Objective-C, Fortran)
  • GNU Octave 5.2
  • LLVM 5.0.1(C/C++/Objective-C)
  • OpenJDK 1.8.0 (Java)
  • Perl 5.30
  • PGI 20.7 (Fortran, C/C++)
  • Python 3.7
Carregando os módulos necessários
 

Para utilizar qualquer um desses softwares deve-se configurar as variáveis de ambiente necessárias. Isso pode ser feito através do comando module.

Para listar os módulos disponíveis no sistema, basta usar o comando

module avail
 

Após localizar o módulo associado ao software desejado, para carregá-lo basta digitar

module load <módulo_do_software>
 

Dessa forma o software fica acessível e pronto para ser utilizado.

Atenção: vários softwares possuem mais de uma versão instalada. Nesses casos, certifique-se de carregar o módulo da versão correta.

Observe também que através do comando  module avail é possível ver quais bibliotecas foram utilizadas na compilação do software. Para maiores informações digite

module --help

 

Dicas específicas
 

As páginas relacionadas abaixo reúnem dicas específicas para uso mais eficiente dos softwares no cluster. As páginas serão atualizadas à medida que formos ampliando nossa base de conhecimento.

Quanto mais eficiente for o uso dos recursos computacionais no cluster, melhor será para todos os usuários. Portanto, se você tiver alguma dica de uso, nos envie pelo Fale Conosco.

CASINO current beta

Dalton 2018

Gaussian 16

GROMACS 2020.3

Psi4